Расследование проводили журналисты NYT, они купили несколько бутербродов в разных точках в Нью-Йорке, в том числе в точках продаж в метрополитене. Все эти бутерброды были сразу запечатаны и в таком виде отправлены в исследовательскую лабораторию. Специалисты провели анализ, и выдали результат – в предоставленных образцах мяса тунца, ДНК самого тунца обнаружено не было. Нет даже следов ДНК этой рыбы. Представители фаст-фудной сети заявили, что проверка осуществлялась неправильно, был проведён «ограниченный генетический анализ». Руководство Subway было возмущено предъявлением таких обвинений. Они отметили, что в подмене мяса тунца просто нет смысла, сырьё достаточно дешёвое, да и сами бутерброды дешёвые.
Кроме того, они заявили, что результаты анализа ДНК неубедительны. Подлинность исследований сомнительна. Ещё одно издание Нью-Йорка Inside Edition тоже провело исследование, они также купили бутерброды и сдали на исследование, и в этот раз результаты анализа показали, что в бутербродах всё же именно тунец. Спор на этом не закончен, полную ясность может внести только участие авторитетной независимой лаборатории, которая и будет определять подлинность материала, и его состав.
Как бы там ни было, Subway успел пострадать, продажи существенно просели. И когда первый шок прошёл, руководство сети бросилось поднимать продажи с помощью масштабной рекламной кампании. Сотрудники терпеливо объясняют клиентам, что никаких подмен не было, и тунец в бутербродах настоящий, и с ним всё в порядке. Кроме того, способы и методы расследования NYT вызывают серьёзные сомнения.
Некоторые эксперты отметили, что Subway слишком уж активно протестует, что навевает мысли о том, что клиенты сети всё же едят бутерброды с не совсем настоящей рыбой. Причём прецедент уже есть, ранее сеть Taco Bell после скандала призналась, что в её говядине только 88 процентов говядины. В Subway же признали только то, что слишком глубокая обработка рыбы, поэтому результат анализа необычный.